Das Hauptproblem des Backuppc ist, dass man nur eine Konfiguration pro Host einstellen kann. Es gibt aber Situationen, in denen unterschiedliche Verzeichnisse eines Hosts unterschiedliche Aufbewahurungszeiten erfordern.
Aber auch dafür gibt einen Trick.

Bei dem aktuellen Problem sollte ein Server mit Arbeits-Daten und einer Datenbank gesichert werden.
Vorhaltezeit der Daten: 1Jahr
Vorhaltezeit der SQL-Dumps: 1Woche

Problem:
Man kann unter „Hosts“ nicht mehrere Einträge mit dem gleichen Rechnernamen anlegen.
Lösung:
Man verwendet einen anderen Rechnernamen
Wenn man einen Rechner z.B.: „Fileserver“ und „Fileserver_SQL“ nennt, wird der Rechner mit dem namen „Fileserver_SQL“ nicht gefunden/aufgelöst.
Genau hier liegt das Problem.

Schritt 1: Backuppc
Der Backuppc muss den Rechnernamen auflösen können. Unter Linux recht einfach zu lösen.
In der „/etc/hosts“-Datei den Servernamen und IP-Adresse zuweisen.
z.B.:

Schritt 2a: Linux-Client
Hier fehlt nur noch das übertragen des ssh-Schlüssels mit dem neuen Rechnernamen

Mehr ist hier nicht nötig.

Schritt 2b: Windows-Client
Bei einem Windows-System (in meinem Fall war es ein Windows-Server 2003) wird aber folgende Fehlermeldung im Backuppc geloggt:
(Fehlermeldung tree connect failed: NT_STATUS_DUPLICATE_NAME)
Hier sind noch Änderungen an der Registry des Windowsservers vorzunehmen.
In der Registry zu HKEY_LOCAL_MACHINE\System\CurrentControlSet\Services\LanmanServer\Parameters navigieren
und folgendes hinzufügen (Neu erstellen):

Nach einem Neustart aktzeptiert der Windowsserver auch Verbindungen mit „falschen“ Namen.

Siehe dazu auch meinen etwas älteren Eintrag bei debianforum.de